Elektronik ticaretin en önemli unsurlarından biri güvenliktir. Kişiler alışveriş yaptıkları internet sitelerinde kişisel güvenliklerinin korunmasını istemektedirler. Gizliliğe önem veren bireyler aynı zamanda girdikleri kredi kartlarının da güvenli bir şekilde korunduğundan emin olmalıdırlar. Bu da yanında güvenlik sorununu beraberinde taşımaktadır. Bu tür bilgilerin korunmasında karşılaşılan zorluklar sonucunda kişiler elektronik ticaret tercihini yapmaktan geri durmakta ve bu da işletmelerin veya diğer alanların bu tür konular da yeni girişimler de bulunmasına neden olup maliyet açısından kimi zaman durumu güçleştirmektedir.

Bireylerin huzuru ve kişisel bilgilerinin korunması konusunda özen gösterilmesi sanal mağazacılıkta ciddi önem taşıyan bir olgudur. Bilgisayar ağlarında kişisel bilgilerin korunması konusunda özen gösterilmediği koşulda kişisel bilgilerin ihlali söz konusu duruma gelecektir. Sanal mağazalar güvenliğe önem verdikleri sürece müşteriler o sitelerden alışveriş yapacaklardır.

E-ticarette güvenlik olmazsa olmaz bir konudur. Çeşitli ağlarda güvenlik boyutları da değişkenlik göstermekte, kapalı ağlarda yasal olmayan erişim metotları kısmen engellenebilirken açık ağlarda ise bu daha da zor bir durumdadır. Bu yüzden güvenlik duvarları kurulması ile açık ağlardaki yasal olmayan girişler engellenmelidir. Güvenlik önlemlerinin gelişmiş olması, sanal mağaza hakkında tüketicide iyi bir imaj etkisi oluşturmaktadır. Güvenlik sertifikası, güvenlik duvarı ve diğer gelişmiş teknolojiler sanal mağazalarda kullanılmalıdır.